In den Organisationseinheiten können Personalkommissionen gebildet werden, wenn die Mehrheit der Angestellten dies beantragt. Die Personalkommissionen stellen die Verbindung zwischen dem Personal und der Geschäftsleitung sicher und begutachten Fragen betrieblicher oder organisatorischer Natur sowie generelle Anliegen des Personals. Nicht in die Zuständigkeit der Personalkommissionen fallen Einzelfallinteressen. Die Personalkommissionen haben insbesondere keine Vertretungsbefugnisse bei Auseinandersetzungen zwischen einer angestellten Person und der Linie. Sie bilden somit in Einzelfallstreitigkeiten nicht das Sprachrohr der betroffenen angestellten Person zur Linie. Bedarf eine angestellte Person in einer personalrechtlichen Streitigkeit einer Vertretung, kann sie sich mit diesem Anliegen an die Personalverbände oder einen Anwalt oder eine Anwältin wenden. Zudem hat sie immer die Möglichkeit, sich durch die Personal- und Sozialberatung der Bundesverwaltung oder die Vertrauensstelle für das Bundespersonal beraten zu lassen.
Das Wahlverfahren, die Organisation (z.B. Grösse der Personalkommission, zur Verfügung stehende Zeit, Sitzungskadenz etc.) sowie allenfalls die Kompetenzen können in einem Reglement von den Departementen bzw. bei entsprechender Delegation von den Verwaltungseinheiten geregelt werden.